Le immagini sono le entità di base su cui lavora GIMP. Generalmente «un'immagine» corrisponde ad un singolo file, come nei file TIFF o JPEG. Si può pensare ad un'immagine anche come una singola finestra anche se non è del tutto corretto; infatti è possibile avere più finestre aperte della stessa immagine. Non è invece possibile avere un'unica finestra che rappresenti più immagini o aver caricata un'immagine senza la corrispondente finestra.

Un'immagine in GIMP può essere una cosa abbastanza complessa. Invece di pensarla come un foglio di carta con una figura disegnata sopra, è meglio rappresentata da un libro, le cui pagine vengono chiamate «livelli». Oltre ad una pila (stack) di livelli, un'immagine di GIMP può contenere una maschera di selezione, una serie di canali e un insieme di tracciati. Inoltre GIMP fornisce un meccanismo per attaccare dati generici ad un'immagine, chiamati «parassiti».

In GIMP, è possibile avere molte immagini aperte allo stesso tempo. Anche se le grandi immagini possono usare molti megabyte di memoria, GIMP usa un metodo molto sofisticato di gestione della memoria che permette di lavorare con grandi immagini senza troppi problemi. Vi sono comunque dei limiti a questo meccanismo. Quando si lavora con la grafica aiuta molto, in termini di velocità di esecuzione, avere un sistema con tanta memoria RAM.

Se un'immagine è come un piccolo libro, allora un livello è come una pagina di questo libro. L'immagine più semplice, come un singolo foglio di carta, contiene solo un livello; anche se gli utenti esperti di GIMP spesso hanno a che fare con immagini con molti livelli, anche dozzine. I livelli non sempre sono opachi e non devono neanche coprire tutta l'area dell'immagine per cui, quando si guarda un'immagine, è possibile che in effetti non si stia guardando solo il livello in cima ma elementi di molti livelli contemporaneamente.

In GIMP i canali sono le più piccole unità in cui può essere suddivisa la pila (stack) di livelli di cui è costituita un'immagine. Ogni canale in un livello ha esattamente la stessa dimensione del livello a cui appartiene, di conseguenza esso è costituito dallo stesso numero di pixel. Ogni pixel può essere considerato come una scatola riempita di valori che vanno da 0 a 255. Il significato di questi valori dipende dal tipo di canale: per esempio nel modello di colore RGB il valore del canale R significa la quantità di colore rosso aggiunto al pixel. Nel canale di selezione il valore denota quanto i pixel sono selezionati e nel canale alfa il valore dà il livello di trasparenza.

Spesso quando si lavora su di un'immagine, si desidera modificare solamente una parte di essa. Il meccanismo di «selezione» rende tutto ciò possibile. Ogni immagine possiede la propria selezione che viene normalmente visualizzata con una linea tratteggiata in movimento che separa la parte selezionata dal resto dell'immagine. Il confine della selezione non è sempre netto, dato che in realtà sarebbe sempre più o meno sfumata e rappresentata da un canale a toni di grigio. La riga tratteggiata che si vede, rappresenta sempre il livello del 50% dell'area selezionata. In ogni momento è possibile visualizzare il canale di selezione facendo clic sul tasto di Maschera veloce.

Gran parte dell'apprendimento all'uso di GIMP consiste nell'acquisizione dell'arte delle selezioni; selezioni che devono contenere solo cosa serve e nulla più. Dato che la gestione delle selezioni è così importante, GIMP fornisce un ampio insieme di strumenti adatti allo scopo: un assortimento di strumenti per la selezione, un menu per le operazioni di selezione e infine la possibilità di usare la maschera veloce con la quale si tratta il canale di selezione come se fosse un canale di colore, in modo da poter, letteralmente, «disegnare la selezione».

Se si commettono degli errori, è possibile tornare sui propri passi dato che quasi ogni operazione che si fa con le immagini è annullabile. In effetti è possibile annullare la gran parte delle ultime azioni effettuate, qualora si ritengano errate. GIMP rende tutto ciò possibile mantenendo una cronologia delle azioni effettuate dall'utente. Questa cronologia però occupa memoria e perciò non è infinita. Alcune azioni usano poca memoria, è possibile effettuarle dozzine di volte prima che le prime azioni compiute vengano eliminate dalla cronologia; altre invece usano molta memoria e quindi se ne possono registrare gli annullamenti solamente per poche alla volta. Comunque è possibile configurare la quantità di memoria che GIMP riserva per la cronologia degli annullamenti di ogni immagine, anche se si dovrebbe essere sempre in grado di annullare almeno 2 o 3 delle ultime azioni effettuate (l'azione più importante non annullabile è la chiusura di un'immagine. Per questa ragione, GIMP chiede conferma prima di chiudere un'immagine su cui si sono effettuati dei cambiamenti non salvati).

Molte, probabilmente la gran parte, delle operazioni effettuate su di un'immagine con GIMP vengono eseguite dall'applicazione stessa. Daltronde, GIMP fa un uso estensivo di «plug-in» costituiti da programmi esterni che interagiscono strettamente con esso e sono in grado di elaborare le immagini ed altri oggetti di GIMP in maniera anche molto complessa ed autonoma. Molti plug-in importanti sono distribuiti assieme a GIMP, ma ve ne sono molti altri disponibili secondo altre modalità di distribuzione. La possibilità di scrivere plug-ins (e script) è il modo più semplice, per la gente che non fa parte del gruppo di sviluppo di GIMP, di aggiungere nuove funzionalità a GIMP.

Tutti i comandi nel menu filtri e un numero notevole di comandi presenti in altri menu sono in realtà costituiti da plug-in.

In aggiunta ai plug-in che sono programmi scritti in linguaggio C, GIMP può fare uso di script. La maggior parte degli script esistenti sono scritti in un linguaggio detto Script-Fu; un linguaggio speciale di GIMP (a chi può interessare, è un dialetto del linguaggio Lisp chiamato Scheme). È anche possibile scrivere script GIMP in Python o in Perl. Questi ultimi sono più flessibili e potenti di Script-Fu; lo svantaggio è che dipendono da software che non viene distribuito con GIMP perciò non c'è garanzia che funzionino correttamente per ogni installazione di GIMP.