La versione 0.54 fu rilasciata nel febbraio del 1996 e fu di grande impatto visto che era il primo programma libero di fotoritocco professionale. Era il primo programma libero che poteva competere con i grandi programmi commerciali di fotoritocco.

La versione 0.54 era una versione beta, ma era così stabile che poteva essere usata per il lavoro di tutti i giorni. Comunque, uno dei maggiori difetti della versione 0.54 era che il toolkit (i cursori, i menu, le finestre di dialogo, i pulsanti) era basato su Motif, una libreria commerciale. Questo era un grosso difetto per i sistemi come Linux perché era necessario avere Motif se si voleva utilizzare la più veloce versione a link dinamico di GIMP. Inoltre molti sviluppatori erano studenti che usavano Linux e non si sarebbero potuti permettere di comperare Motif.

Quando fu rilasciata la versione 0.60 nel luglio del 1996 essa fu sotto lo sviluppo di S e P (Spencer e Peter) per quattro mesi. I principali vantaggi portati da questo sviluppo furono i nuovi toolkit GTK (GIMP Toolkit) e gdk (GIMP Drawing Kit), che eliminarono la dipendenza da Motif. Per l'artista grafico la versione 0.60 fu piena di nuove caratteristiche come: supporto base ai livelli, strumenti di disegno migliorati (campionamento subpixel, brush spacing), un aerografo migliore, modalità di disegno, ecc.

La versione 0.60 fu una versione per sviluppatori, non era intesa per un uso diffuso. Servì come ambiente di prova per le versioni 0.99 e 1.0 per verificare se le funzioni e i miglioramenti apportati potevano essere applicati o se andavano scartati. Si può guardare alla versione 0.60 come la versione alfa della 0.99.

In febbraio 1997, venne alla luce la 0.99, Insieme con altri sviluppatori S e P fecero diversi cambiamenti e aggiunsero ancora altre caratteristiche. La principale differenza fu la nuova API e il «PDB» che rese possibile la scrittura degli scripts; gli script-fu (o macro) potevano ora automatizzare le cose che prima dovevano essere eseguite a mano. Anche GTK/gdk cambiò e venne chiamato GTK+. Inoltre la 0.99 usava una nuova gestione della memoria «tile-based» che rese possibile il caricamento di immagini molto grandi, per esempio, un'immagine di 100MByte. La versione 0.99 introdusse anche un nuovo formato di file nativo per GIMP chiamato XCF.

La nuova API semplificò la scrittura di estensioni a plug-in per GIMP. Emersero molte nuove estensioni e plug-in che resero GIMP ancora più utile (come SANE che abilitò la capacità di effettuare digitalizzazioni direttamente da GIMP).

Nell'estate del 1997, GIMP raggiunse la versione 0.99.10, S e P dovettero ridimensionare il loro contributo dato che si laurearono e cominciarono a lavorare. Comunque altri sviluppatori continuarono sotto la dirigenza di Federico Mena a rendere GIMP pronto per il debutto.

La libreria GTK+ fu separata da GIMP nel settembre del 1997. GTK+ era stato riconosciuto come eccellente toolkit e molti sviluppatori cominciarono ad usarlo per le proprie applicazioni.

GIMP entro nella fase di «feature freeze» (congelamento dei miglioramenti, una fase necessaria per la «stabilizzazione» dei prodotti software sotto forte sviluppo) in ottobre del 1997. Questo significò che nessun nuovo miglioramento fu più aggiunto al programma e alle librerie principali di GIMP. Fu rilasciato nei primi di ottobre del 1997 anche GUM (GIMP Users Manual) versione 0.5. Il lavoro di sviluppo continuò per rendere GIMP stabile e pronto per la versione 1.0.