Het voorkeuren dialoogvenster kan geopend worden vanuit het menu boven het gereedschapsvenster met: Bestand → Voorkeuren. Hierin kunt u vele opties waarmee GIMP werkt instellen. De volgende hoofdstukken vertellen in meer detail welke instellingen u kunt wijzigen en wat de gevolgen daarvan zijn. De informatie is gebaseerd op de werking van GIMP-2.2; versie 2.0 lijkt zodanig veel op deze versie dat deze uitleg u ook veel over de situatie daar kan verduidelijken.

Alle voorkeursinstellingen zijn in het bestand genaamd gimprc in uw eigen GIMP werkmap opgeslagen. Als u dus een Gevorderde gebruiker bent en liever met een tekstscherm werkt dan met een grafisch bedieningspaneel kunt u de voorkeuren in dat bestand wijzigen. Meer informatie hierover kunt u op Linux-systemen met behulp van het het commando man gimprc opvragen.