Verze 0.54 byla uveřejněna v únoru 1996 a proslavila se jako první skutečně profesionální program pro úpravu obrázků. První svobodný program, který mohl soupeřit s velkými komerčními grafickými aplikacemi.

Verze 0.54 byla pouhá beta, ale byla natolik stabilní, že se dala používat pro běžnou práci. Nicméně měla jednu zásadní chybu. Motif, knihovna použitá pro zobrazení grafického rozhraní (menu, dialogů atd.) byla komerční. Pro uživatele Linuxu to byl skutečný problém, neboť je nutil zaplatit a koupit Motif, bez kterého nemohli používat rychlejší, dynamicky slinkovaný GIMP. A mnozí vývojáři byli studenti, kteří si koupi Motifu nemohli dovolit.

Po čtyřech měsících další Spencerovy a Peterovy práce, v červenci 1996, byla uveřejněna verze 0.60. Největší novinkou byly nové knihovny, GTK (GIMP Toolkit) a gdk (GIMP Drawing Kit), které přinesly nezávislost na Motifu. Z pohledu grafika byl GIMP 0.60 také plný novinek, obsahoval základy vrstev, zdokonalené kreslící nástroje (subpixelové vzorkování, rozestup štětce), lepší rozprašovač, režimy malování atd.

Verze 0.60 byla ovšem určena pouze pro vývojáře, nikoliv pro běžné použití. Byla to vývojová verze pro budoucí GIMP 0.99 a 1.0, na které bylo možno testovat nové funkce a vylepšení. Byla to svým způsobem alfa verze budoucího Gimpu 0.99.

V únoru 1997 vstoupila na scénu verze 0.99. Spencer a Peter společně s ostatními vývojáři přidali mnoho nových vlastností a provedli mnoho změn. Nejvýznamnějšími byly zejména nové API a PDB, což přineslo možnost psát skripty. Makra Script-Fu umožnily automatizovat postupy, které bylo dříve nutné dělat ručně. I GTK/gdk se změnilo a bylo přejmenováno na GTK+. Navíc verze 0.99 přinesla novou správu paměti založenou na dlaždicích, což umožnilo práci s rozsáhlými soubory a velkými obrázky. A konečně přinesl GIMP 0.99 i nový nativní formát souborů nazvaný XCF.

Psát rozšíření a zásuvné moduly pro GIMP bylo s novým API opravdu snadné. Brzy se objevilo mnoho nových rozšíření, které hodnotu Gimpu mnohonásobně zvyšovaly (např. SANE umožňující skenování přímo do Gimpu).

V létě 1997 dosáhl GIMP verze 0.99.10, ale Spencer i Peter museli omezit další práci na Gimpu, neboť ukončili školu a našli si zaměstnání. Ale ostatní vývojáři pokračovali pod vedením Federica Mena a vytrvale připravovali GIMP na jeho velký a slavný den.

V září 1997 se GTK+ osamostatnilo, neboť si získalo výbornou pověst pro své kvality a vývojáři jej začali využívat i pro jiné aplikace.

V říjnu 1997 bylo pozastaveno přidávání nových vlastností do Gimpu. Vývojáři měli nyní za úkol GIMP učinit co nejstabilnějším a připravit ho na uveřejnění finální verze 1.0. Ve stejné době byl uveřejněn uživatelský manuál ke Gimpu — GUM 0.5.