Versiunea 0.54 a fost distribuită în februarie 1996, și a avut un impact major asupra primului program liber cu adevărat profesional de manipulare a imaginilor. Acesta a fost primul program liber care a concurat cu marile programe comerciale de manipulare a imaginilor.

Versiunea 0.54 a fost o versiune beta, dar a fost atât de stabilă, încât l-ați fi putut folosi pentru activitatea zilnică. Cu toate acestea, unul dintre dezavantajele majore ale 0.54 a fost că trusa de unelte (bare de derulare, meniuri, casete de dialog, etc.) a fost construită în Motif, un set de instrumente comercial. Acest lucru a fost un mare dezavantaj pentru sisteme cum ar fi „Linux”, pentru că era necesară achiziționarea lui Motif, dacă s-ar fi vrut utilizarea unui GIMP mai rapid și mai dinamic. Mulți dezvoltatori erau, de asemenea, studenți care rulau Linux, și care nu și-au putut permite să cumpere Motif.

Atunci când 0.60 a fost lansat în iulie 1996, a fost sub dezvoltare lui S și P (Spencer și Peter) pentru patru luni. Principalele avantaje ale programării au fost seturi de instrumente noi, GTK (Setul de instrumente GIMP) și gdk (setul de desen GIMP), care elimina dependența de Motif. Pentru artistul grafic, 0.60 era plin de funcționalități noi, cum ar fi: straturi de bază; îmbunătățit de instrumente de pictură (sub-pixel prelevarea de probe, pensulă spațiere); un aerograf mai bun; moduri desenare; etc.

Versiunea 0.60 a fost doar o versiune pentru dezvoltatori, și nu a fost destinată utilizării pe scară largă. A servit ca un banc de lucru pentru 0.99 și 1.0 versiunea finală, unde funcțiile și îmbunătățirile ar putea fi testate, eliminate sau modificate. Se poate privi la 0.60 ca versiunea alfa a lui 0.99.

În februarie 1997, 0.99 intră în scenă. Împreună cu alți dezvoltatori, S și P au făcut câteva modificări în GIMP și au adăugat mai multe funcționalități. Principala diferență a fost noul API (Application Programming Interface) și „PDB”, care au făcut posibilă scrierea scripturilor; Script-Fu'uri (sau macrocomenzile) pot acum automatiza lucruri care în mod normal se făceau manual. GTK/gdk a fost de asemenea modificate și acum se numește GTK+. Mai mult, 0.99 folosește o nouă formă de manevrare placată a memoriei ce permite încărcarea de imagini uriașe în GIMP (încărcarea unei imagini de 100 MB în GIMP nu este o problemă). Versiunea 0.99 introduce și noul format nativ GIMP de fișier denumit XCF.

Noul API face cu adevărat ușor de scris extensii și module GIMP. Câteva module și extensii au condus la un GIMP chiar mai util (cum ar fi SANE, care permite scanarea direct în GIMP).

În vara lui 1997, GIMP ajunge la versiunea 0.99.10, iar S și P renunță la mare parte din suport după absolvire și începerea serviciului. Oricum, alți dezvoltatori ai GIMP au continuat sub bagheta lui Federico Mena pentru a termina GIMP pentru prima data.

GTK+ a fost separat de GIMP în septembrie 1997. GTK+ a fost recunoscut ca un set excelent de instrumente, iar alți dezvoltatori începeau să îl folosească pentru a-și construi propriile aplicații.

GIMP a intrat într-o stare de hibernare în octombrie 1997. Asta a însemnat că nu au fost noi funcționalități adăugate la bibliotecile de bază sau la programul GIMP.GUM (Manualul utilizatorului GIMP) versiunea 0.5 a fost lansat în octombrie 1997. Munca de dezvoltare a continuat să facă unGIMP stabil și pregătit pentru versiunea 1.0.