Версия 0.54 была выпущена в Феврале 1996-го и имела воздействие первой по-настоящему профессиональной свободной программы по манипулированию изображениями. Эта была первая программа, которая могла конкурировать и большими коммерческими пакетами по манипулированию изображениями.

Версия 0.54 была бета-выпуском, но настолько стабильной, что её можно было использовать в повседневной работе. Однако, один из серьёзных недостатков 0.54 был тот, что инструментарий (ползунки, меню, диалоги, и т.д.) был основан на Motif, коммерческом инструментарии. Это большой недостаток для систем, как «Linux», потому что необходимо было покупать Motif, чтобы использовать более быстрый, динамически связанный GIMP. Многие разработчики были также студентами, пользующие Linux, которые не могли позволить купить Motif.

Когда 0.60 была выпущена в июле 1996-го, она была под начальством S и P (Спенсер и Питер) в течении четырёх месяцев. Главные програмные достоинства были новые инструментарии, GTK (GIMP Toolkit — Инструментарий GIMP) и gdk (GIMP Drawing Kit — Набор по рисованию GIMP), которые убрали зависимость от Motif. Для графического дизайнера, 0.60 содержала много новинок: простые слои; улучшенные инструменты рисования(субпиксельная выборка, растояние кисти); режимы рисования и т.д.

Версия 0.60 была выпуском для разработчиков и не была расчитана на широкое пользование. Она служила как основа для версии 0.99 и конечной версии 1.0, чтобы функциональность и улучшения можно было протестировать, убрать или изменить. Версию 0.60 можно расматривать как альфа-версию для 0.99.

В феврале 1997-го появилась на свет версия 0.99. Вместе с другими разработчиками S и P внедрили несколько изменений в GIMP и даже добавили дополнительные возможности. Главным отличием было новый API (Application Programming Interface — интерфейс программирования приложений) и «PDB» (база процедур), что позволило писать сценарии; Сценарии Script-Fu (или макросы) теперь могли автоматизировать, то что обычно делалось вручную. GTK/gdk также изменился и теперь назывался GTK+. В добавок, 0.99 использовала новую форму работы с памятью на основе черепиц, что позволило загружать огромные изображения в GIMP (загрузка изображений размером в 100 MB в GIMP не представляет проблемы). Версия 0.99 также представила новый родной формат файла GIMP, XCF.

Новый API упростил разработку расширений и дополнений для GIMP. Появились несколько новых дополнений и расширений, которые сделали GIMP ещё более полезным (например, SANE, который позволил сканировать прямо в GIMP).

Летом 1997-го GIMP достиг версии 0.99.10, и S и P должны были бросить поддержку, поскольку выучились и начали работать. Однако другие разработчики GIMP продолжили под руководством Федерико Мена (Federico Mena) готовить GIMP к большому дебюту.

GTK+ был отделён от GIMP в сентябре 1997-го. GTK+ получил репутацию хорошего инструментария, и другие разработчики стали использовать его для своих приложений.

Функциональное замораживание GIMP настало в октябре 1997-го. Это значило, что новые возможности не будут добавлены в основные библиотеки и программу GIMP. Версия 0.5 GUM (GIMP Users Manual — руководство пользователя GIMP) была выпущена в октябре 1997-го. Работа над GIMP продолжалась, чтобы сделать его стабильным и готовым для версии 1.0.