Cómo saber: Está intentando usar el borrador para eliminar todo el color pero en lugar de aparecer un área transparente se convierte en el color de fondo (normalmente blanco).
Cómo solucionarlo: Compruebe la capa activa en el Diálogo de capas: pulse con el botón derecho del ratón sobre ella para abrir un menú y mire si está activado. Si lo está, entonces su capa no tiene canal alfa: pulse en ese elemento del menú para añadir un canal alfa. Una vez arreglado esto, podrá borrar hasta la transparencia.