La versió 0.54 es va publicar el febrer del 1996, i va tenir un gran impacte com el primer programa realment lliure de manipulació d'imatge professional. Va ser el primer programa lliure que podia competir amb els grans programes comercials de manipulació d'imatge.

La versió 0.54 va ser una versió beta, però era tan estable que es podia usar en la feina diària. No obstant això, un dels majors inconvenients de la 0.54 era el conjunt d'eines (barres de desplaçament, menús, quadres de diàleg, etc.) que van ser construïdes amb Motif, una eina comercial. Va ser un gran inconvenient per als sistemes com «Linux», perquè havien de comprar Motif si volien usar el GIMP més ràpid, enllaçat dinàmicament. La majoria dels desenvolupadors eren estudiants que usaven Linux, i que no podien permetre's comprar Motif.

Quan es va publicar la versió 0.60 el juliol del 1996, s'havia desenvolupat durant quatre mesos per S i P (Spencer i Peter). Els principals avantatges de programació van ser les eines noves, GTK (joc d'eines del GIMP) i gdk (joc de dibuix del GIMP), que van eliminar la dependència de Motif. Per a l'artista gràfic, la 0.60 estava plena de característiques noves com ara capes bàsiques; eines de pintura millorades (mostratge de subpíxel, espaiat del pinzell); un aerògraf millor; modes de pintura; etc.

La versió 0.60 va ser una versió de desenvolupament, i no estava dirigida a un ús extens. Va servir com un camp de treball per a la 0.99 i la versió final 1.0, de manera que les funcions i les millores es van poder provar i abandonar o canviar. Podeu veure la 0.60 com la versió alfa de la 0.99.

El febrer del 1997, la 0.99 va sortir a escena. Al costat d'altres desenvolupadors, S i P havien fet molts canvis al GIMP i havien afegit més característiques. La diferència principal va ser la nova API (Application Programming Interface) i la «PDB», que van fer possible l'escriptura de scripts: els Script-Fus (o macros) podien ara automatitzar coses que generalment calia fer a mà. GTK/gdk també havien canviat i ara es deien GTK+. A més, la 0.99 usava una forma nova de gestió de la memòria basada en rajoles, que permetia carregar imatges enormes en el GIMP (carregar una imatge de 100 MB en el GIMP no suposava cap problema). La versió 0.99 també introduïa un nou format de fitxer natiu del GIMP anomenat XCF.

L'API nova feia realment fàcil escriure extensions i connectors per al GIMP. Molts connectors i extensions nous van emergir per a fer el GIMP més útil (com ara SANE, que activa l'escaneig directament en el GIMP).

L'estiu del 1997, el GIMP assolia la versió 0.99.10, i S i P van haver d'abandonar la major part de la seva col·laboració, ja que es van graduar i van començar a treballar. No obstant això, els altres desenvolupadors del GIMP van continuar sota la direcció de Federico Mena per a preparar el GIMP per a la seva hora estel·lar.

GTK+ es va separar del GIMP el setembre del 1997. GTK+ havia estat reconeguda com una eina excel·lent, i altres desenvolupadors van començar a usar-la per a construir les seves pròpies aplicacions.

El GIMP va congelar les seves característiques l'octubre del 1997. Això significava que no s'afegirien característiques noves a les biblioteques del nucli del GIMP ni al programa. La versió 0.5 del GUM (manual d'usuari del GIMP) també es va publicar l'octubre del 1997. El treball de desenvolupament va continuar per a fer que el GIMP fos estable i estigués preparat per a la versió 1.0.