La commande Couleur vers Alpha rend transparents tous les pixels du calque actif ayant une certaine couleur sélectionnée. Un canal Alpha est créé. Elle utilise un algorithme permettant de préserver les transitions entre les couleurs de façon à conserver un dégradé entre les pixels de la couleur sélectionnée et les pixels environnants, ainsi que l'anti-crénelage des contours.
On accède à ce filtre par la barre de menuu ou le menu contextuel de l'image en suivant
→ .Le fait de cliquer sur la boîte d'échantillon Depuis affiche une fenêtre de dialogue permettant la sélection d'une couleur. Si une couleur précise est nécessaire, servez-vous de la pipette, et faites glisser la couleur sélectionnée pour aller la déposer dans la boîte d'échantillon « Depuis ». Le clic droit sur la boîte d'échantillon développe un menu permettant de choisir la couleur de Premier-plan, d'Arrière-plan, le Blanc ou le Noir.