La version 0.54 est sortie en février 1996, et a eu un impact majeur en tant que premier programme, professionnel et gratuit, de manipulation d'images.

La version 0.54 était une version bêta, mais elle était si stable qu'on pouvait l'utiliser pour le travail quotidien. Mais elle avait un défaut majeur, c'est que la trousse d'outils (pour les menus, les barres de défilement, les boîtes de dialogue) utilisait Motif, un logiciel commercial. C'était rédhibitoire pour de nombreux utilisateurs, comme les étudiants, qui ne pouvaient se payer Motif.

Quand la version 0.60 est sortie, elle avait été développée pendant quatre mois par S et P (Spencer et Peter). La grande innovation était les trousses d'outils GTK (GIMP Toolkit) et GDK (GIMP Drawing Kit). Pour l'artiste, 0.60 était pleine de nouvelles fonctions comme les calques, des outils améliorés (échantillonnage au niveau du sous-pixel, espacement des brosses...).

La version 0.60 n'était qu'une version de développeur, et n'était pas destinée à un large usage. Elle servait de banc d'essai à 0.99 et à la version 1.0 finale. Vous pouvez considérer la 0.60 comme la version alpha de la 0.99.

En février 1997 apparut la 0.99. Avec d'autres développeurs, S et P avaient apporté de nombreuses modifications et beaucoup d'améliorations. La nouvelle API et la « PDB » qui rendait possible l'écriture de Scripts. Les script-fus (ou macro) permettaient d'automatiser ce que vous faisiez manuellement. GTK/GDK avaient changé et s'appelaient désormais GTK+. En plus, GIMP utilisait maintenant une mémoire virtuelle sur disque dur permettant de charger des images très volumineuses, plus grandes que la mémoire vive. La version 0.99 a aussi introduit le format natif de GIMP appelé XCF.

La nouvelle API rendait facile l'écriture d'extensions et de greffons pour GIMP. De nombreux greffons sont apparus, multipliant les possibilités de GIMP (comme SANE qui permet l'utilisation d'un scanneur).

A l'été 1997, GIMP en était à la version 0.99.10. S et P avaient obtenu leurs diplômes, trouvé du travail et avaient dû laisser tomber leur contribution à GIMP. Heureusement, d'autres ont pris la suite sous la direction de Federico Mena.

GTK+ a été détaché de GIMP en septembre 1997. Il est reconnu comme étant une excellente trousse à outils, et d'autres programmeurs l'utilisent pour bâtir leurs propres applications.

GIMP a été gelé en octobre 1997. Cela signifie qu'aucune autre caractéristique ne pouvait être ajoutée au programme. Le GUM (GIMP Users Manual) 0.5 est également sorti en octobre 1997. Le travail de mise au point s'est poursuivi pour rendre GIMP stable et prêt pour la version 1.0.