每个图层在对话框中以一个缩略图的形式表现，当一个图像有很多图层时，看上去就是一个列表。列表最上面的图层是第一个可见的，而最下面的图层是则是最后一个可见的，即背景。列表上方是针对每个单独图层的特征，下面则是管理图层列表的按钮。对一个图层缩略图用右键点击将打开 图层菜单。

列表中的每个图层都有自己的属性，主要属性就是图层的名字，可以通过在名字上或图层缩略图上双击来编辑它，而缩略图前则显示的是一个眼睛图标 。点击它来切换图层是否可见。(Shift-左键点击眼睛则使所有 其它 图层暂时隐藏。)另外一个像锁链的图标 使多个图层作为一个整体可以同时对它们操作(比如使用移动工具时)。

	提示
	对于动画 GIF 或 MNG 中图层，其名字可以用作指定一些参数：图层名 (延迟 ms 数) (组合模式), 举个例，Fram-1 (100 ms) (replace)。 延迟 指图层在动画中的可见时间，而组合模式则表示是合前面图层组合还是替换它：可选的两个模式是combine (组合)和 replace (替换)。

可以在列表上选择活动图层的一些属性。其中活动图层是用蓝色高亮表示，可以选的属性是：“图层模式”，“保持透明部分”， 和“不透明度”。

图层列表下方是一些可以对图层列表进行基本操作的按钮。

可以给每个图层添加一个透明蒙板，叫作图层蒙板。透明蒙板和对应的图层有相同大小和像素数量，然后蒙板中每个像素在相同位置与图层中的像素配对。蒙板是一系列亮度从 0 到 255 的灰色调像素，其中亮度为 0 为黑色并且使图层中配对的像素完全透明，反之，亮度为 255 为白色并且使图层中配对的像素完全不透明。

要新建一个图层蒙板，右键点击图层唤出菜单，选取添加图层蒙板。当该菜单项为灰色不可用时，要先在同一个菜单中选取添加 Alpha 通道。在该对话框中可以初始化蒙板内容：

蒙板被创建后将以缩略图的形式在图层缩略图右边显示，可以通过选择性地点击图层和蒙板缩略图来激活它们其中一个，而 活动的那个以白色边缘高亮显示(对一个白色蒙板很难辨认)。要看蒙板内容，而不是它在图像窗口中的效果，按下 Ctrl-Alt，然后点击蒙板缩略图，重做上一个操作就可以回到正常查看。