Lo strumento selezione regioni contigue (bacchetta magica - fuzzy) è progettato per selezionare delle zone dal livello attivo o dall'immagine in base alla somiglianza dei colori. Partendo da un clic su un punto dell'immagine, la selezione si espande esternamente ad esso come un'innondazione d'acqua che allaga delle zone pianeggianti, selezionando i pixel che confinano i cui colori sono simili a quelli del pixel di partenza. E' possibile controllare la soglia di somiglianza trascinando il mouse verso il basso o verso destra: più lontano viene trascinato, più larga sarà l'area selezionata.

Usando questo strumento è molto importante scegliere un punto iniziale appropriato. Selezionando un punto sbagliato si potrebbe ottenere qualcosa di molto differente rispetto alle aspettative, se non l'esatto contrario.

La bacchetta è un buon strumento per la selezione di oggetti con margini definiti. E' divertente da usare e per questo i principianti spesso la usano molto. Probabilmente però più la si usa più si avverte un senso di frustrazione per la difficoltà a selezionare esattamente ciò che si desidera, niente di più, niente di meno. Forse l'aspetto più frustrante è che se si è già rilasciato il pulsante del mouse non è possibile effettuare piccoli aggiustamenti alla soglia: bisogna ricominciare da capo. Gli utenti più esperti trovano spesso più efficenti gli strumenti tracciati e selezione per colore, ed usano meno la bacchetta. Nonostante tutto essa è utile per selezionare un area all'interno di un contorno, o per ritoccare delle selezioni imperfette. Spesso funziona molto bene per selezionare delle zone con uno sfondo colorato in tinta unita (o quasi tinta unita).

Da notare che quando l'area selezionata si espande dal centro, essa non si propaga solo ai pixel che si toccano l'un l'altro: ma può saltare oltre a dei piccoli spazi. La distanza oltre alla quale può saltare viene impostata nella scheda opzioni strumenti della finestra delle preferenze: la "soglia predefinita" per seleziona regioni contigue. Incrementando o diminuendo questo valore, si può rendere la bacchetta magica più o meno aggressiva. (Ciò influeza anche gli strumenti di riempimento colore e riempimento con un gradiente.)