Sélectionner les Régions Transparentes.  Cette option permet à l'outil Sélection par couleur de sélectionner les aires possédant une transparence. Sans cette option, les aires possédant une transparence ne seront pas sélectionnées.

Échantillonner sur tous les calques.  Avec cette option, la couleur choisie pour chaque pixel est la couleur vue effectivement dans l'image, c.-à-d. qu'elle est la combinaison des couleurs de ce pixel dans les différents calques composant l'image, à condition bien sûr qu'ils soient suffisamment transparents. Le seuil s'applique alors aux différents calques.

Seuil.  Ce curseur fixe l'écart de couleur à prendre en compte pour le choix des pixels de la sélection. Autrement dit, les pixels dont la différence de couleur avec le pixel d'origine excède le seuil seront refusés. Plus le seuil augmente, et plus de pixels sont sélectionnés.