Tento filtr lze spustit volbou
→ → z nabídky okna obrázku.Filtr barva do alfy učiní všechny pixely se zvolenou barvou průhlednými. Pokud ještě neexistuje, vytvoří se alfa kanál. Filtr se pokusí zachovat vyhlazování pomocí polointeligentního algoritmu, který místa s barvami podobnými zvolené barvě učiní částečně průhledné, průsvitné. Zůstane tak zachován plynulý přechod do okolních oblastí.
Kliknutím na barevné pole označené Z se otevře dialog pro výběr barvy. Pokud je třeba zvolit přesný barevný odstín, vyberte ho před použitím filtru Barevnou pipetou a pak přetáhněte barvu popředí z Panelu nástrojů myší na barevné pole v dialogu filtru Barva do alfy. Kliknutím pravým tlačítkem myši na barevné pole v dialogu filtru se otevře nabídka, umožňující přímo zadat barvu popředí, pozadí, černou nebo bílou.