Každá vrstva je v dialogu zobrazena v podobě náhledu. Pokud je obrázek tvořen více vrstvami, jsou tyto zobrazeny v seznamu. Vrstva v seznamu nahoře je v obrázku viditelná jako první, vrstva v seznamu dole je viditelná jako poslední (pozadí obrázku). Nad seznamem jsou zobrazeny vlastnosti a ovládací prvky vztahující se k aktivní vrstvě. Pod seznamem jsou tlačítka poskytující přístup k základním operacím s vrstvami. Kliknutím pravého tlačítka myši na náhled vrstvy se otevře kontextová nabídka.

Každá vrstva je v seznamu zobrazena spolu se svými atributy. Hlavním atributem je jméno vrstvy. To můžete změnit dvojitým poklepáním myší na jméno nebo náhled vrstvy. Před náhledem je zobrazena ikona oka . Klikáním na tuto ikonu se přepíná viditelnost vrstvy. (Kliknutí spolu s klávesou Shift dočasně skryje všechny ostatní vrstvy.) Další ikona, představující řetěz , umožňuje seskupovat vrstvy pro operace nad více než jednou vrstvou současně (například pomocí nástroje Přesun).

	Tip
	V případě animačních vrstev (GIF nebo MNG) lze jméno vrstvy využít k nastavení určitých parametrů: Jméno_vrstvy (zpoždění v milisekundách) (kombinační režim), například Políčko-1 (100 ms) (replace). Zpoždění určuje dobu, po kterou je vrstva v animaci viditelná. Kombinační režim určuje, zda má vrstva předchozí vrstvu nahradit (replace) nebo se sní zkombinovat (combine).

Nad seznamem vrstev jsou ovládací prvky umožňující nastavit některé vlastnosti aktivní vrstvy. Aktivní je ta vrstva, která je barevně zvýrazněna. Mezi zmiňované vlastnosti patří: "Režim", "Zachovat průhlednost" a "Krytí".

Pod seznamem vrstev jsou umístěna tlačítka umožňující provádět základní operace s vrstvami.

Maska průhlednosti lze přidak ke každé vrstvě. Nazývá se maska vrstvy. Maska vrstvy má stejné rozměry a obsahuje stejný počet pixelů jako vrstva, ke které patří. Každý pixel masky tak lze přiřadit pixelu vrstvy na stejné pozici. Maska sestává z pixelů ve škále šedi, s hodnotami v rozmezí 0 až 255. Pixely s nulovou hodnotou se zobrazují černě a spřažený pixel činí zcela průhledným. Pixely s hodnotou 255 se zobrazují bíle a jejich spřažený pixel je neprůhledný (respektive jeho průhlednost je dána pouze jeho vlastním alfa kanálem).

Masku vrstvy lze vytvořit kliknutím pravým tlačítkem myši na vrstvu v dialogu Vrstvy a volbou Přidat masku vrstvy z kontextové nabídky. Pokud je příkaz zašedlý, zvolte nejprve Přidat alfa kanál ze stejné nabídky. Objeví se dialog, ve kterém lze inicializovat obsah masky:

Vytvořená maska je viditelná jako náhled napravo od náhledu vrstvy. Kliknutím na náhled vrstvy či na náhled masky lze přepínat mezi úpravami masky či vrstvy. Aktivní náhled je bíle orámován. Kliknutím do náhledu masky s podržením modifikačních kláves Ctrl-Alt se v okně obrázku zobrazí obsah masky místo obsahu vrstvy ovlivněného maskou. V takovém případě je zeleně orámován.